深圳旅行社业者指出，台当局为确保大陆到台湾优质团、打击低价团，将大陆赴台团客每日配额由7000人降为5000人;同时将自由行的人数，由3000人增加到4000人。这使得许多提供低价团的旅行社改用申请自由行的方式，取得入台证再组团到台湾。
大陆居民赴台旅游实行配额管理，配额由国家旅游局会同有关部门确认后，下达给组团社。组团社在开展组织大陆居民赴台旅游业务前，须与接待社签订合同、建立合作关系。组团社须为每个旅游团队选派领队，领队要经过专门的培训、考核，并申领赴台旅游领队证。大陆居民须持有效的《大陆居民往来台湾地区通行证》及旅游签注赴台旅游。
以往3、4月不是陆客自由行旺季，但今年自3月1日起，陆客自由行入台证申请人数每工作日均从2000以下，暴增到6000，状况异常，严重超过每日配额，这使原本2至3日发放的速度，已经延长到21日。报道称，4月3日已占用了4月23日的配额。
由于台湾削减大陆赴台旅游团的人数，两岸旅行社联手将低价旅游团团客，化身为自由行，挤占赴台自由行配额，部分大陆游客利用自由行名额参团低价台湾旅游。现在申请“五一”黄金周到台湾自由行的大陆游客，已领不到配额。旅行社人士称，每年5月1日是大陆三大旅游黄金周之一，目前入台证发放进度，将使5月初真正要到台湾自由行的陆客，几已无法取得入台证，将被迫取消赴台旅游。除了严重伤害自由行陆客到台湾意愿，更间接伤害做自由行陆客生意的小商家，如垦丁、花莲、南投的民宿和散客业者。台湾旅游业者呼吁台湾观光部门，配额不能一成不变，要根据市场行情随时调配。
台湾对内地开放自由行的城市已经到了26个，台湾个人游人数增长是必然。台湾“观光局”指出，个人游符合台当局“大陆游客优质团”的政策，可望提升大陆游客赴台观光质量，因此将研拟增加个人游的配额。针对目前大陆游客团体游办理入台证件数量超标，受理部门计算机塞车严重，一度出现延误情况。为不影响内地游客到台湾旅游行程，台当局建议帮游客办理入台证件的旅游服务商尽早送件办理。
华侨城旅行社人士呼吁，台当局应该提高自由行入台证配额，从目前的每天3000提高为4000人。同时在最近2至3个星期内，临时提高自由行发放配额，每天增加1000至2000人;主管部门也应提高罚则，警告台湾旅行业者，不可再利用此一紧急补救措施违规操作，否则又会占用自由行配额。
